L'église Saint-Christophe, située sur un mamelon le long de l'ancienne route de Brié, a disparue aujourd’hui. D'après la tradition, elle était la première église paroissiale.

A l’origine, l'ancienne église du bourg est assez simple comme la plupart des églises de campagne. Elle se compose d'une nef rattachée au chœur par un transept. Le logement du sacristain est accolé à la façade sud, indépendant de l'église, comme le veut la coutume au Moyen-Age. Le cimetière entoure l'église sur les côtés est et nord, où les deux Vaulnaveys tiennent leurs assemblées sous un tilleul, à l'issue de la messe du dimanche. Pour des raisons de salubrité publique, le cimetière est déplacé chemin des Chartreux vers 1783-1784.

Il y a peu de modifications jusqu'en 1699, où la voute du chœur est refaite « en cul-de-four » (voute en quart de sphère), lui donnant ainsi le style roman que nous connaissons aujourd'hui.

Des modifications importantes sont effectuées de 1726 à 1731 avec la réfection du clocher, très fortement inspiré de celui de la collégiale Saint-André de Grenoble, puis de 1865 à 1867 avec l'agrandissement de l'église elle-même. La vielle église est démolie jusqu'au chœur. La nef principale est reconstruite, agrandie et deux basses nefs sont ajoutées.

Différentes rénovations sont faites par la suite, en 1970, 1979, et enfin 2013 avec la restauration du clocher et du chœur, la reprise des enduits extérieurs et la rénovation de la fresque « laissez venir à moi les petits enfants ».

Les trésors à voir à l'église de Vaulnaveys

• Le maître-autel d'époque Louis XV, entièrement en bois polychrome avec un faux décor de marbre. Il est l’œuvre de Claude Albert, maître sculpteur à Grenoble et provient probablement de l’ancienne Chartreuse de Prémol. Il est classé monument historique en 1942.
• Un tableau, daté du XVII^e siècle, représentant Saint Jean l'évangéliste recevant la révélation de l'Apocalypse sur l'île de Patmos. C'est une copie, en dehors du visage du Saint, d'une œuvre de Charles Lebrun, conservée dans l'antichambre de la chapelle au Grand Trianon à Versailles.  Il est classé monuments historiques en 1982.

• Dans le chœur, deux statues du XVIII^e siècle, en bois polychrome rehaussées d’or : d'un côté la Vierge à l'Enfant, de l'autre, la Vierge de l'Assomption. On peut supposer que ces deux statues proviennent également de l’ancienne chartreuse de Prémol.
• Dans la basse-nef droite, une fontaine en pierre provenant de Prémol, l’ancien mouvement d’horloge datant de 1730 et dans une vitrine récemment mise en place par l’association Patrimoines des Vaulnaneys, plusieurs objets du XVIII^e siècle, classés monuments historiques : buste de Saint Jérôme, buste de Sainte Marie-Madeleine, reliquaire et buste de Saint Jean-Baptiste et deux angelots.